در پی ترور دانشمند نخبه جوان شهید احمدی روشن، حضرت آیت الله خامنه ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی مهم، با اشاره به اینکه ملت بزرگ ایران بر خلاف تلاش اردوگاه استکبار راه پیشرفت را با قوت و اراده راسخ دنبال می کند، تأکید کردند: از مجازات مرتکبان این جنایت و عاملان پشت صحنه آن چشم پوشی نخواهیم کرد.
متن پیام به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم
شهادت دانشمند نخبه‌ی جوان، شهیدمصطفی احمدی روشن، اندوه دیگری بر دل دوستداران دانش و متعهدان به پیشرفت جمهوری اسلامی نهاد. ما همگی شریك غم � �در و مادر و همسر و فرزند این جوان مظلوم و برجسته و سرافرازیم.
این ترور بزدلانه كه عاملان و طراحانش هرگز جرأت نخواهند كرد به جنایت كثیف و پلید خود اعتراف كنند و مسئولیت آن را بپذیرند مانند دیگر جنایات شبكه‌ی تروریزم بین‌الملل دولتی، با طراحی یا همراهی سرویسهای سیا و موساد عمل شده و نشانه‌ی به بن‌‌بست رسیدنِ استكبار جهانی به سردستگی آمریكا و صهیونیزم، در مقابله با ملت مصمّم و مؤمن و پیشرونده‌ی ایران اسلامی است. آنها در این رفتار شنیع و قساوت‌آمیز نیز شكست خواهند خورد و به اغراض پلید و شریرانه‌ی خود دست نخواهند یافت. رشد شتابنده‌ی علمی و � �تح قله‌های دانش كه با همت و عزم جوانان مؤمن و غیور و توانائی چون مصطفای شهید رونق یافته، امروز قائم به هیچ فردی نیست، این یك جنبش تاریخی و برخاسته از یك عزم خلل‌ناپذیر ملی است. ما به كوری چشم سران اردوگاه استكبار و نظام سلطه، این راه را با قوت و اراده‌ی راسخ دنبال خواهیم كرد و پیشرفت رشك‌آور ملت بزرگ خود را به رخ دشمنان عنود و حسود خواهیم كشید، و البته از مجازات مرتكبان این جنایت و عاملان پشت صحنه‌ی آن هم هرگز چشم‌پوشی نخواهیم كرد.
اینجانب شهادت این عزیز را به والدین و همسر و فرزندش و به جامعه‌ی علمی و دانشگاهی كشور و به عموم دوستداران و متعهدان نهضت علمی فراگیر، تبریك و تسلیت میگویم و برای آنان صبر و سكینه‌ی الهی و برای شهید عزیزمان علو درجات اخروی را از خداوند متعال مسألت میكنم و یاد شهیدان علیمحمدی و شهریاری و رضائی‌نژاد را گرامی میدارم.
سیدعلی خامنه‌ای
22/دیماه/1390